Vor 150 Millionen Jahren gab es noch keine Alpen. Europa und Afrika waren durch einen großes Ozean, die Tethys - auch Urmittelmeer genannt - getrennt. Zuerst war das Meer noch tief, es entstanden Schwamm-Mikrobenriffe wie die Felsengruppe "Zwölf Apostel". Später zog sich das Meer nach Süden zurück und verflachte. Dadurch tauchten einzelne Inseln auf. Unsere heutige Juralandschaft war im ausgehenden Erdmittelalter ein traumhaft schönes Insel-Archipel mit blauen Lagunen und Korallenriffen unter tropischer Sonne.
Zunächst verflachte sich das Meer im Osten vor der Küste der Böhmischen Insel. Bei Brunn, der Geburtsstätte des Solnhofen-Archipels, entstand die erste kleine, von Riffen und Inseln umsäumte Lagune, in der feinkörnige Karbonate zum Absatz kamen, aus denen später die ältesten Plattenkalke des Archipels hervorgehen sollten. Etwas später entstand die Lagune von Painten, die größte, die jemals in der einmillionenjährigen Geschichte des Archipels existierte. Das "alte Solnhofen", das inmitten einen Korallenmeeres begann, liegt heute in Ostbayern.
Mit Auftauchen der großen festländischen Insel im Norden entstanden dann nacheinander von Ost nach West die neuen Lagunen von Zandt, Eichstätt und Solnhofen. Entlang der Südküste dieser mitteldeutschen Insel erreichte das Solnhofen-Archipel seine größte Ausdehnung. Die Korallenriffe zogen sich in die Region der heutigen Donau und weiter nach Süden zurück.